经过差不多9W字的铺垫，终于要进入正片了，从第三章开始，每一章秘意幽思都会去一个种族的栖息地，来进行明暗双线的主线剧情了，有游山玩水，有探索遗迹，自然也会有危险和战斗，甚至还会有殊死搏杀。
既然工作重心放在培养下一代，东条神官自然也是学院的实权高层之一，当绘里和希找到她说明来意之后，东条神官也非常爽快地答应了她们的请求，大笔一挥就批下了一大笔经费和自由度非常大的许可，“不过，我还是例行公事地说，你们这次去精灵族要好好注意安全，你们都是年轻人，很有冒险精神这一点让我很高兴，但是你们也都没有多少外出冒险的经验，因此出门在外要好好照顾自己，明白么？”
“嗯，咱们知道了”希的眼中流露出温馨的光彩以及小小的歉意，毕竟她暂时还不能说出她们的真正目的，“话说回来…”东条神官拿起部员名册，“这个普通人族就是你们的队长么？”“是的”绘里和希点头，“一个普通人族…嘛，人不可貌相，说不定有什么过人之处也说不定呢”东条神官不再纠结，“那就这样吧，经费和许可很快就会到位了，你们也要做好完全的准备”“没问题”“好呐~”等到两人离开之后，东条神官走到落地玻璃窗前看着窗外蔚蓝的天空自言自语，“原来如此…”
教皇城内的市集中，真姬和妮可正在这里采购外出用的物资，两人一边走着一边讨论购物清单，“真姬，你说精灵族那边的生活条件怎么样啊，我们不会风餐露宿吧…”“这个我也不太清楚，但是那边大部分的地形都是草原和森林，生活条件的话如果找得到村落的话应该不错…”妮可闻言点点头，“那就带一些生活必需品就好了，不用带太多东西”
“那个”真姬指了指一旁蔬菜摊上的番茄，“不能带这个么？”“这个…”妮可有些犹豫，“这本来就不是可以长期携带保存的东西啊…而且途中万一遇到什么战斗的话也容易坏掉”不过在看到真姬有些失落的神情之后妮可思索了一会，“…这样的话应该可以吧，走吧真姬酱，我们去买一点番茄回去试一下——”
说完就拉着真姬的手买菜去了，“对了妮可酱”真姬好像想到了什么，“妮可酱你不是还有组织里的任务嘛？”“那个啊”妮可一边挑选番茄一边摇头，两侧的双马尾随风飘扬，“反正会长也没有说具体的时限，又没有后续的任务，就先放置一下吧，等到回来再说也可以——”
教皇城的另一角，精灵族的居住区域，凛和花阳正在街上走着，比起兽族纯粹的土石结构或者妖族的紧凑风格，精灵族的建筑风格显然更加让人心情畅快一些，建筑通体由纯木打造，在屋外还摆放着各种盆栽与植物，在阳光下散发出生机勃勃的气息，不过嘛，“阿嚏！”凛打了个喷嚏，有些不好意思地看着花阳，“抱歉呢花阳亲，花粉稍微有点多了”
“没事，我们继续走走看吧”花阳温柔地对凛笑着，两人并肩继续在街上走着，“不过还是真让人心情舒畅啊——”凛在适应了环境之后伸了个懒腰，“比妖族和兽族那边好多了”两人正说着，“咕——”一声闷响响起，凛有些尴尬地捂着自己的肚子，“啊哈哈，原来已经快到饭点了啊…”“咕——”又是一声闷响响起，花阳也满脸通红地说，“凛…我们去吃点东西吧”
“喔喔，那么就…就这家店吧！”凛随手一指，刚好指向一家名为“惠屋”的饭馆。“嗯，那我们走吧——”饱餐一顿之后，“哎呀真是不错啊——”凛和花阳一脸满足地走出饭馆的门口，“不过…”凛回顾两人走过来的这条街道，“还是没有打听到关于花阳亲家人的消息呢…”“嗯…”花阳也有些失落，她们在之前就已经走了不少店铺了，无一例外都看不出也没有听说过花阳的种族，“嘛，不要灰心”凛在身边鼓励花阳，“我们去精灵族里问，肯定能够找到答案的！”
教皇城学院，图书馆，穗乃果早就趴在一摞书本上面睡着了，旁边还散落着几本介绍精灵族人文地理的书籍，顺便还有些关于半精灵的，毕竟这次她们打算把半精灵生活区域也顺便探索了，“唉…穗乃果还没看多少就睡着了…”海未轻声抱怨，顺便扶正了一下穗乃果的姿势，以免她睡着睡着从书上掉下来，“嘛，穗乃果前阵子也够辛苦的了，还为了解封的事情四处奔波”小鸟戳了一下穗乃果的脸颊，引来穗乃果的一阵梦话。
“顺便一提，海未不是一直对解除封印抱着保留态度嘛，怎么这次这么容易就同意了？”“那个啊…”海未又翻过一页，“怎么说呢，虽然我身为魔族确实不是很擅长应付灵族，不过直觉告诉我这次解封或许没有做错，那么小鸟呢，认为这次能够顺利么？封印的话应该会有一些守卫或者机关陷阱之类的东西吧”看到小鸟的动作，海未也想去戳一下，不过内心的羞耻感还是让她暂时停下手来，把注意力集中到面前的书籍上。
“嗯，不太清楚，海未也是知道的，我的本体现在还在灵渊里面，对于那几个被封印的部分也是丝毫感知不到，所以…”“嗯…”此时穗乃果微微动了一下，发出不知道是呓语还是真言，“困难什么的…肯定会有的啦…不过…再大的困难，有我们九个人在，也一定能够…解决的…”说完之后穗乃果换了个姿势，又是一阵轻微的呼噜声传来，“真是的…”海未摸了摸穗乃果的柔顺的橙发，而小鸟则看了看窗外的天色，合上了手上的书本，“看样子她们应该快回来了，我们也回去吧——”“好呀！回去啦——”“穗乃果…原来你醒着么？”“嘿嘿，刚醒”
奇迹部部室，其她人还没有回来时，绘里和希已经在里面等着了。她们已经得到了经费和许可，在回来之前她们还去教会找了一趟亚里沙，亚里沙对她们的旅途也十分感兴趣，但是知道自己的实力还远远不及她们，因此也只好待在教会里继续锻炼学习，不过绘里也说了，等到亚里沙学艺有成，加入奇迹部也并不是不可以。紧接着回来的是真姬和妮可，妮可提着一袋子工具和各种生活用品，“怎么看上去这么少？”希翻看了一下之后问妮可。
“啊，只是生活必需品而已，至于其它的就地取材就可以了，我们这群人属性又这么齐全，这次带得最多的还是生火用的工具”正说着，“我们也回来啦！”开门声和铃铛声同时响起，凛这一组也回来了，不过并没有带来什么有用的情报就是了，最后回来的是穗乃果她们三人，“刚才我们顺便去找了一下翼桑她们，不过她们好像已经不在学院里了”“嘛，毕竟是龙族，这点特权还是有的”绘里解释。
“东西走准备好了？那我们什么时候出发？”凛已经跃跃欲试了，有点恨不得马上就出发，“许可还要两三天的样子，所以现在不用着急”希说道，“两三天么？正好，绘里，我有事情想找你帮忙”妮可提着一袋东西上前，向希说，“希，我把你的骑士借走几天你不介意吧？”希笑起来，却对着真姬说，“咱的骑士被你的女仆借走几天真姬不介意吧？”看着脸颊微红的真姬，众人都笑成一团，“好啦好啦，快走”同样脸红的妮可推着绘里就要走出部室。
“稍微等等！”穗乃果这个时候发话，“我觉得我们要不要弄一个标志带在身上啊，例如徽章或者什么饰品之类的，这样出去之后也好联系”“联系？”花阳有些好奇地问，“是这样”小鸟上前解释，“我可以在一些小型物件中用灵魂标记它们，然后就可以实现简单的通讯和位置感知了哟”“哦——”凛点点头，“想不到还有这样方便的能力啊”“是啊”海未点头，“其实小鸟的实力并不比穗乃果和我弱，只不过应该是被封印了用不出来”
“那么饰品的话…”真姬想了想，“就用胸章怎么样，也算是我们组合的一个标志了”众人点点头，“那么图案的话…”希看向穗乃果，“穗乃果应该有想法了吧？”“嗯”穗乃果点点头拿出一张纸，上面画着一个标准的九角星，“穗乃果你的画工还不错嘛”妮可也折返回来看着纸上的图案，“嗯，那这样的话我马上联系校方制作这个胸章，反正社团是有这个权利的”绘里接过那张纸，“那么颜色就用各自属性的颜色了？还是你们有别的想法？”
“嗯…”穗乃果想了想，“金色有些太显眼了呢…那就用发色好了，我选橙色！”“嗯”海未点点头，“那我就用深蓝色吧”“我的话也和穗乃果和海未一样用发色的亚麻色吧”小鸟说，“嗯…那我的话用属性的颜色吧，水蓝色，希呢？”“纯白的话好像也不太好看，用发色的紫色吧”“嗯，那我也选发色的红色，反正这里也没有火属性的半兽”
“那妮可要粉色！”“妮可酱…要啥粉色啊…选个黑色不好么，既是你的属性色也是你的发色？”“真姬酱你还真不懂呢，像妮可这么可爱的女孩子当然也要选一个可爱的颜色了——”“好了好了”一旁记录的绘里摆摆手，“下一个，凛呢？”“嗯…土色好像有些土耶，既然真姬选了红色我就选黄色好了，那么花阳亲”“我的话…用绿色就可以了”“好了——”记录完之后绘里收起那张纸，“过几天就能拿到了，妮可你不是找我还有事么？走吧”“嗯…”被打断的妮可脸色有些囧，不过还是和绘里一起走出了部室。
三天之后，众人收拾好简单的行礼，在学院的大门前集合完毕，定做的九枚色彩各异胸章也做好了，这个时候正佩戴在众人的左胸前，“各位，都准备好了吧！”穗乃果作为队长自然带头发言，“嗯！”“没有问题——”等到众人应答完后，穗乃果侧头想了一会，“应该用一个什么手势打气鼓劲好呢…”正想着的时候，眼角瞥到了胸前的那枚九角星胸章，“有了！”穗乃果伸出右手的食指和中指比出九角星中的一个角，“就用这个手势吧！”众人相视一眼，纷纷笑着伸出右手，组成一个整齐的九角星图案——“秘意幽思——！”“出发！”
第二章 完
设定解说：“惠屋”：漫画《天真与闪电（甜蜜稻妻）》中女主角家里开的饭馆，另外，女主角姓饭田
黑暗时代（上次忘记讲了）：又称中古时代，在黄金时代过后，人族在对各个附属种族的剥削下实力回复并获得极大提高，引起其余种族警惕，又随着生活水平提高附属种族对独立的需求也越高，在平衡人族实力的策略主导下，各个附属种族在其余各族的支持下，发出对人族的独立宣言，但人族迅速反应并且对所有种族发动侵略战争。战争席卷了几乎整个大陆，最后以中古四族联军与人族签下和平条约，人族原本的附属种族全部得以独立，并成为人族与其他纯血种族的缓冲地带而告终，中古时代大约一会。
黄金时代：又称远古时代，在混乱时代过后，本土种族人族成为大陆主要种族，但元气大伤，其余附属种族得到发展空间，精灵、兽族、妖族在这个时代得到长足的和平发展时间。一时间实力与人族齐平，但无意参加大陆霸权争夺，而且世界的探索以及开发也并未完全，因此世界获得了漫长的和平时间，各族与人族之间相互通婚，中古四族诞生，但此时为人族的附属种族，远古时代大约一劫。